Les Hauts-de-France abritent 75 espèces de mammifères, dont 21 espèces de chauves-souris. Si cette diversité peut être considérée comme assez faible, le territoire se distingue en hébergeant l’unique population reproductrice de Murin des marais de France. Parmi les autres espèces les plus remarquables, on peut noter que Chat forestier et Martre des pins peuplent plusieurs massifs forestiers, et que le Castor d’Europe amorce une recolonisation de la région depuis la Belgique. La façade maritime est quant à elle reconnue pour ses belles populations de Phoques gris et veau-marin ainsi que de Marsouin commun.

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